
Laurence Renoux, direttrice del reparto malattie tropicali e infettive di un ospedale di Parigi, da qualche giorno combatte invano una misteriosa epidemia, con sintomi simili a quelli della meningite fulminante. Chiede aiuto all'ex fidanzato Jacques Cortot, brillante medico e docente di biologia: anche per lui però il virus resta un mistero.
All'ospedale Laurence incontra Alex Cirelli, il cui padre, derattizzatore, è colpito dal virus. Tra i due c'è immediata sintonia ma la relazione non è vista di buon occhio dal professor Cortot, che vuole riconquistare la giovane donna.
Uno sciopero dei netturbini nel frattempo getta Parigi nel caos: la spazzatura si accumula e i topi, attratti dai rifiuti, cominciano a uscire dalle fogne. Laurence non tarda a capire il legame tra il male ignoto e la proliferazione dei topi. La situazione diventa drammatica quando Lola, sua figlia di 9 anni, viene morsa.
Comincia la corsa contro il tempo, mentre l'invasione dei topi si estende all'intera capitale e il numero di morti e malati cresce. Laurence, con l'aiuto di Alex, dovrà trovare la soluzione per salvare la figlia e, al tempo stesso, liberare la città dai topi.
I circa 2000 topi visibili in Allarme a Parigi! sono stati reperiti in Francia, Spagna e Repubblica Ceca per realizzare il film. Alla stregua di altre opere celebri, prima fra tutte Uccelli di Hitchcock, il loro ingresso sulla scena è reso con una tensione crescente: all'inizio se ne avverte solo la presenza ma poi, poco a poco, i topi appaiono fino a rivelare la grave minaccia che rappresentano.
Allarme a Parigi! ha una struttura narrativa sfaccettata: cerca di ricreare dinamiche credibili, senza essere totalmente realista; possiede elementi di commedia nei dialoghi e nelle situazioni, ma rispetta i canoni del film catastrofico.